Данный вопрос стал причиной появления сразу нескольких тем для обсуждения на форуме поддержки Apple. Суть проблемы заключается в том, что пользователи теряют некоторые сообщения, список звонков, историю из Safari при восстановлении бекапа из iCloud. Причем ошибка возникает только при обновлении прошивки. Причина появления такого бага неизвестна. Скорей всего сами сохраненные копии с данными пользователя повреждены.
Некоторые пользователи нашли решение проблемы и заключается оно в том, что устройство нужно сначала обновить на iOS 9.1 «Как новый», а уже потом залить бекап. Кроме того, можно вовсе отказаться от восстановления бекапа iCloud и перейти на бекап iTunes, который работает отлично.
Подтверждаю, данная ошибка присутствует. Недавно восстанавливался на новый айфон, пропали сообщения за последние 2 месяца.